在许多场合，因为步进电机的电流电压较高，再加上其外壳未采用铝合金外壳进行磁屏蔽，因此对高灵敏的接收机系统造成干扰，使其无法工作，并且干扰电源，尤其在高频时，可能造成控制系统的单片机和上位机无法进行正常通讯，严重者造成单片机死机，给正常使用造成了困难，因此干扰问题必须加以解决。
1、加装电源滤波器，减少对交流电源的污染。
2、“一点接地”原则。将电源滤波器的地、驱动器PE、控制脉冲PULSE-和方向脉冲DIR-短接后的引出线、步进电机接地线、步进电机驱动器与步进电机之间电缆防护套、步进电机驱动器屏蔽线均接到机箱壁上的接地柱上，并要求接触良好。
3、尽量加大步进电机控制线与步进电机电源线、步进电机驱动线之间的距离，避免交叉.比如我们在处理双轴驱动系统中两个处在同一机箱的步进电机驱动器安装位置时,一个驱动器铭牌朝前，另一个则朝后，并在结构布置上使这些引线尽量短。
4、使用屏蔽线减轻外界对自己的干扰，或自己（步进电机电源线）对外界的干扰。