步进电机按照转子的结构分类为：永磁式、反应式、混合式三种。
永磁式步进电机的转子材料是永磁铁，反应式步进电机的转子是硅钢片，混合式步进电机的转子是永磁铁和硅钢片间隔叠加而成，因而称为混合式。
永磁式步进电机一般用于打印走纸、空调挡风板调节、照相镜头的焦距调节等用途。永磁式步进电机的磁铁一般用铁氧体磁铁，轴承一般用含油轴承，端盖一般是五金冲压成型，材料成本和制造成本都比较低。永磁式步进电机的步距角比较大，常见的步距角有3.75°、7.5°、15°、18°等，分辨率不高。
但永磁式步进电机同一转速情况下，相切换的次数少，噪声较低。永磁式步进电机因气隙大，爪极的根部容易产生磁饱和，又因为一般选用磁密度比较低的铁氧铁磁石，从而造成输出力矩比同样尺寸的混合式步进电机力矩小。永磁式步进电机机身外形基本上都是圆形，以小尺寸为主，市面常见机身直径范围是4~55mm，小于10mm的一般由于镜头调焦距用。
反应式步进电机因为转子用硅钢片冲压而成，可以做成比永磁式步进电机小的步距角，但反应式步进电机的震动噪声比较大，现在已经很少使用。
混合式步进电机综合了永磁式和反应式的优点，震动噪声比较低，步距角小，是最常用的步进电机，应用在很多行业。全球最大的混合式步进电机厂家日本信浓公司目前只生产混合式步进电机。
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