步进电机在具有一定转换方向的驱动脉冲下运行，据此将电机控制器划分为方向控制和逻辑输出两个部分。限位信号用于复位和限定运行方向，因此在方向控制部分同时处理限位;在逻辑输出部分，按照控制需求再次划分为复位、自动和手动三个逻辑处理模块，在逻辑输出的实现方式上，复位、自动和手动通过一定的优先级逻辑，通过发送电机占用请求复用逻辑输出模块。图3为控制器模块划分示意图。
(1)爬山复位
爬山复位模块用于复位调焦镜头到爬山搜索的起始位置。电机控制器在捕获到指令单元的复位信号后，按预定的运行方向产生驱动逻辑，直至控制器收到限位信号LIMIT的有效反馈后停止。复位过程中，自动和手动请求无效。
(2)自动控制
步进电机控制器的步数数据接收端DATA在接收到指令单元传入的运行步数后，首先检查当前是否有其他电机占用请求，如果电机空闲，就按照同时传入的方向信号输出指定步数的驱动逻辑;否则忽略本次自动控制请求。
(3)手动微调
手动微调在控制器中作为一种辅助控制手段，允许人工微调调焦镜头的位置。每启动一次手动微调，电机就按照设定的运行方向，运行一段固定的微调距离。控制器在捕获到手动输入信号后，同时读取手动运行方向DIRECTION的设置值，如果当前电机空闲，则按照手动输入的方向信号输出固定步数的驱动逻辑;否则手动请求无效。
(4)方向和限位处理
当控制器运行在手动微调或自动控制时，需要防止调焦镜头越出边界。方向模块在收到有效的限位信号LIMIT后，对正在输出的方向信号取反，控制步进电机反方向运行，实现限位要求。当控制器没有收到限位信号反馈时，则读取DIRECTION端口的方向，传递给逻辑输出模块，用于控制驱动逻辑的转换方向。
(5)逻辑输出
逻辑输出模块内置逻辑发生器，逻辑发生器按照电机请求和方向信号输出驱动逻辑。方向信号用于控制驱动逻辑的转换方向;自动和手动模块的核心是计数器，电机请求信号是步数计数器的输出，因此电机请求信号的有效时间表示允许逻辑发生器运行的时钟周期数。